Geboren wurde Jochen Klepper am 22. März 1903 in Beuthen in der Nähe von Glogau.
Er wuchs gemeinsam mit zwei älteren Schwestern und zwei jüngeren Brüdern in einem evangelischen Pfarrhaus auf. Er besuchte das Evangelisch-Humanistischen Gymnasium in Glogau. Der stille Jochen fiel in der Schule auf, äußerst elegant gekleidet wirkte er auf die meisten Mitschüler eigenartig und weltfremd, er war einfach anders.
Ab Sommer 1922 studierte er Evangelische Theologie in Erlangen und ab Sommer 1923 in Breslau.
Wegen seines labilen Gesundheitszustandes – Klepper litt unter Kopfschmerzen, Schlafstörungen und Asthma – war es ihm nicht möglich, das Studium zu beenden.
Ende des Jahres 1925 ging er ohne Abschluss zurück nach Beuthen und wurde Redakteur beim evangelischen Presseverband in Breslau, wo er sich bald einen guten Ruf mit seinen Rundfunkbeiträgen erwarb.
Jochen Klepper heiratete 1931 die jüdische Witwe Johanna Gerstel-Stein, die 13 Jahre älter als er war und zwei Töchter mit in die Ehe brachte. Glücklicherweise war seine Ehefrau sehr vermögend – Klepper selbst verdiente durch seine journalistischen und inzwischen auch schriftstellerischen Tätigkeiten nur wenig. Für seinen ersten Roman „Die große Direktrice“, der in der Mode-Welt seiner Ehefrau spielt, fand er keinen Verleger.
Ende des Jahres 1931 zog Jochen Klepper nach Berlin. Dort hoffte er seine Begabung besser entfalten zu können. Klepper fand zunächst Arbeit beim Rundfunk, wurde aber seiner jüdischen Ehefrau wegen kurz darauf wieder entlassen.<br>Seinen ersten Roman, „Der Kahn der fröhlichen Leute“ veröffentlichte er 1933.
1949 wurde er in der sowjetischen Besatzungszone von der DEFA verfilmt, kam 1950 unter dem gleichnamigen Titel in die Kinos und war mit mehr als 4 Millionen Zuschauern ein Publikumserfolg.
Zum 24. Februar 1934 erreichte er seine Aufnahme in die Reichsschrifttumskammer. Da seine Frau und ihre beiden Töchter nach Definition der Nürnberger Rassegesetze Jüdinnen waren, geriet die Familie zunehmend unter Druck. Seine ältere Stieftochter Brigitte konnte kurz vor Kriegsausbruch über Schweden nach England ausreisen. Jochen Klepper sah in der wachsenden Judenfeindlichkeit einen Frevel an Gott. Er verfolgte das Zeitgeschehen und auch den Weg der evangelischen Kirche zwischen Anpassung und Bekennender Kirche mit großer Anteilnahme und Sorge.
1937 veröffentlichte Jochen Klepper seinen Roman „Der Vater“. Darin bearbeitete er nicht nur anhand des Konflikts zwischen dem preußischen Soldatenkönig Friedrich Wilhelm I. und dessen Sohn Friedrich II.s einen eigenen Vater-Sohn-Konflikt, sondern entwarf im Bild eines Königs, der in allem nach Gott fragt und sich als „ersten Diener im Staat“ begreift, das Gegenbild zum Führerkult des Nationalsozialismus. Der Roman wurde trotz seines Umfangs von zwei dicken Bänden, die je 9,60 Mark kosteten, schnell ein Verkaufsschlager, besonders in preußisch gesinnten Kreisen; er wurde Pflichtlektüre für Offiziere der Wehrmacht. 65.000 Exemplare wurden schon zu Kleppers Lebzeiten verkauft, was wesentlich zu seinem Überleben beitrug; weitere 35.000 bis zum Kriegsende und seither wurden über 200.000 Exemplare dieses Werks gedruckt. Andererseits erfolgte kurz nach Erscheinen des Romans am 25. März 1937 der Ausschluss aus der Reichsschrifttumskammer, was Berufsverbot und Arbeitslosigkeit gleichkam. Klepper erwog die Flucht ins Ausland, konnte sich aber nicht dazu überwinden.
Mit einer Ausnahmegenehmigung konnte er 1938 eine Sammlung von Kirchenliedern unter dem Titel „Kyrie“ herausgeben. Diese haben in großem Umfang Eingang in den Kanon der evangelischen Gesangbücher gefunden; er ist dort nach Martin Luther und Paul Gerhardt der dritthäufigste Autor.
Am 25. November 1940 erhielt Klepper die Einberufung zur Wehrmacht und war vom 5. Dezember 1940 bis 8. Oktober 1941 Soldat. Wegen seiner „nichtarischen Ehe“ wurde er im Oktober 1941 als „wehrunwürdig“ aus der Wehrmacht entlassen.
Ende 1942 scheiterte die Ausreise der jüngsten Tochter ins rettende Ausland, ihre Deportation stand unmittelbar bevor. Überdies musste Klepper nach einer persönlich erteilten Auskunft des Reichsinnenministers Wilhelm Frick davon ausgehen, dass Mischehen zwangsweise geschieden werden sollten und damit auch seiner Frau die Deportation drohte.
Der Tagebucheintrag vom 8. Dezember zeigt Kleppers Verzweiflung, aber auch sein unbedingtes Festhalten an einem Weltbild, das so sehr von Gehorsam geprägt ist, dass es ihn dazu bringt, selbst unmenschliches Leiden weiterhin als Prüfung Gottes zu verstehen: „Gott weiß, dass ich es nicht ertragen kann, Hanni und das Kind in diese grausamste und grausigste aller Deportationen gehen zu lassen. Er weiß, dass ich nicht geloben kann, wie Luther es vermochte: ‚Nehmen sie den Leib, Gut Ehr, Kind und Weib, laß fahren dahin-.‘ Leib, Gut, Ehr – ja! Gott weiß aber auch, daß ich alles von ihm annehmen will an Prüfung und Gericht, wenn ich nur Hanni und das Kind notdürftig geborgen weiß.“
Die Familie nahm sich in der Nacht vom 10. auf den 11. Dezember 1942 durch Schlaftabletten und Gas gemeinsam das Leben.
Die Familie Klepper wurde auf dem Friedhof Nikolassee bestattet.
Am 11. Dezember 2014 wurden vor seinem ehemaligen Wohnhaus, Berlin-Nikolassee, Teutonenstraße 23, Stolpersteine für ihn und seine Familie verlegt.
